La jugabilidad de Shantae Advance es similar a la de otros juegos de acción y aventuras para GBA. El jugador controla a Shantae mientras explora diferentes niveles, lucha contra enemigos y resuelve puzzles. Shantae puede transformarse en diferentes criaturas, como un lagarto o un murciélago, para acceder a áreas inaccesibles o evitar peligros.