प्रिज़न ब्रेक सीज़न 1 की कहानी माइकल स्कॉफील्ड (वेंटवर्थ मिलर) के इर्द-गिर्द घूमती है, जो एक सफल वास्तुकार है। वह अपने भाई लिंकन बर्म्स (डोमिनिक प्यूरसेल) को बचाने के लिए एक योजना बनाता है, जिसे हत्या के आरोप में फेंटन प्रिज़न में रखा गया है। माइकल खुद को उसी जेल में कैद करवाता है और अपने भाई को बचाने के लिए एक योजना बनाना शुरू कर देता है।