La jugabilidad de Inazuma Eleven 3 se divide en dos partes principales: el modo de historia y el modo de juego de fútbol. En el modo de historia, los jugadores deben explorar la ciudad, hablar con personajes y progresar en la trama. En el modo de juego de fútbol, los jugadores controlan a sus jugadores en el campo de fútbol, utilizando habilidades especiales y estrategias para derrotar a sus oponentes.